Logo no início do século XX, as terras onde hoje está localizada Engenheiro Coelho eram de propriedade de Joaquim Cardoso de Moraes e popularmente conhecida como Guaiquica. Com a intensificação da imigração no início do século, instalou-se nas terras Pedro Hereman, imigrante belga que as adquiriu e passou a chamá-la de Fazenda São Pedro.  Em 2 de Junho de 1912 foi inaugurada a Estação da Estrada de Ferro na Colônia da Guaiquica, que passou a ser conhecida por Estação de Engenheiro Coelho do Bairro da Guaiquica. O nome Engenheiro Coelho foi uma homenagem ao Engenheiro José Luiz Coelho que, na época, era inspetor de estrada de ferro e representante da Fazenda Estadual. Com a construção da estrada que liga Limeira a Mogi Mirim em meados de 1939 a colônia começa a se desenvolver. Em 14 de maio de 1980 Engenheiro Coelho é elevado à categoria de distrito pela Lei Estadual nº 2343. Em 3 de outubro de 1991 a cidade passa a ter administração própria com a eleição dos primeiros vereadores e do primeiro prefeito.